海峽股權交易中心經福建省政府批準設立,由福建省金融工作辦公室負責監管,遵循中國證監會對中國多層次資本市場體系建設的統一要求,是福建省貫徹落實國務 院支持海西先行先試的“三規劃兩方案”、建設兩岸區域性金融服務中心的重大舉措,是中國多層次資本市場體系建設重要環節和有機組成部分。
海峽股權交易中心于2011年10月26日在兩岸共同家園——福建省平潭綜合實驗區注冊成立,2013年7月18日正式開業運營,現注冊資本2.1億元,共有興業證券、福建省能源集團、福建省產權交易中心、福州市投資管理公司等地市國有投資機構以及有臺資背景的海峽富國基金等10家股東。